Hükümeti ve ABD'nin askeri desteğini eleştirdikten sonra rahip olduğu katedralin yakınlarındaki bir şapelde vurularak öldürüldü. Cinayeti işleyenler olarak Amerika'da eğitim görmüş iki El Salvadorlu'dan şüphelenildi. Ancak cinayetin sırrı çözülemedi.
